Для того чтобы запустить что-либо из под определенного пользователя есть команда RUNAS. Для выполнения MSI инсталлятора есть команда MSIEXEC.

 

Команда для запуска MSI из-под юзера ниже.

runas /user:<имя машины>\<имя пользователя> “msiexec /i <путь\имя пакета.msi>”